2024年4月18日，软科发布中国大学排名，西南医科大学在2024软科中国医药类大学共84所院校中排在第28名（与去年同期持平），在23所西部医药类院校中排名第4名，同比提升2名。
“十四五”以来，学校围绕全面建成特色鲜明的西部高水平医科大学远景目标，聚焦第二次党代会提出的“138”发展战略，以学科建设为引领，以新增临床医学、中西医结合一级学科博士点建设为抓手，促进学校内涵式高质量发展。临床医学上榜2023软科中国最好学科排名，排名32位、位居前30%，是“十四五”期间首次进入该榜单，为历年最好位次，中西医结合位次同比提升19%。大力促进ESI排名提升晋位，截止2024年3月，西南医科大学临床医学、药理学与毒理学、生物学与生物化学等3个学科进入ESI全球排名前1%，百分比排位分别位于27.86%、44.02%、67.89%，分别同比提升5.97%、15.66%、15.91%。严格按照国务院学位委员会2024年新增博士硕士学位授权审核申请基本条件要求，临床医学、中西医结合一级学科博士点各项指标全面达到国家标准，关键竞争性指标超标建设，一级学科博士点申报顺利“出川入京”。
