南京农业大学以科技创新支撑高质量发展，不断提升高校服务科技原始创新能力，推动高水平科技自立自强。
扎根基础研究，坚持创新引领。学校深入解析农业生命科学的现象、原理、机制等，强化原始创新能力，持续提升基础研究水平。突破籼粳杂种优势利用难的瓶颈，为进一步挖掘作物高产优质基因提供理论支撑。实施农业生物全基因组编辑、农业生物“干细胞”、作物表型大科学等计划，推动农业科技领域“迭代式”关键研究，突破农业科技前沿“无人区”。
服务乡村振兴，推动共同富裕。学校聚焦科技创新团队、科技成果转移转化，深耕“三农”事业“主战场”，高质量服务国家乡村振兴战略。菊花遗传与种质创新团队依托菊花种质资源在全国20余个省市打造 “菊花海”，提升所在地的旅游综合效益。土壤微生物与有机肥团队围绕有机肥产业所需与发展所向，开展农业固体废弃物肥料化利用、土壤结构改善、作物品质提升等技术研发与示范推广，为我国经济作物产业健康发展做出重大贡献。学校定点帮扶贵州麻江，依托优势学科成立10支产业技术专班，服务麻江10个产业，用金牌学科、铸招牌产业、创品牌产品，打造麻江乡村产业“特色路”。
