一、分析对象差别：
1.气相色谱仪分析对象：
（1）气化性好，热稳定性好，沸点低的样品。
（2）高沸点、挥发性差、热稳定性差、离子和聚合物样品无法检测。
(3)只有15至20英寸的有机物。
2.第高效液相色谱仪分析对象：
（1）溶解后可制成溶液的样品。
(2)不受样品的挥发性和热稳定性的限制。
（3）分子量大，气化困难，热稳定性差，可检测聚合物和离子样品。
（4）用途广泛，约占有机物的80%-85%。
二、流动相差别：
1.气相色谱法的流动相：
主要结果如下：(1)流动相为惰性气体。
（2）组分与流动相之间没有亲和力，只有固定相起作用。
2.高效液相色谱仪的流动相：
（1）流动相为液体。
（二）流动相与组分密切合作，增加了提高柱的选择性、提高分离程度的因素，对分离起重要作用。
（3）有多种流动相，有很多选择。
（4）流动相极性和pH值的选择在分离中起重要作用。
（5）选择两种或两种以上不同比例的液体作为流动相可以提高分离选择性。
三、工作条件差别：
1、气相色谱工作条件：加温工作。
2、高效液相色谱法工作条件：室温、高压（液体粘度高）。
