按照BSL-3标准建造的实验室，也称为生物安全实验室。实验室需与建筑物中的一般区域隔离。其具体标准微生物操作、特殊操作、安全设备、实验室设施要求如下。
3.1标准操作
完成传染性材料操作后，对手套进行消毒冲洗，离开实验室之前，脱掉手套并洗手。设施内禁止吃、喝、抽烟，不准触摸隐形眼镜和使用化妆品。戴隐形眼镜的人也要佩戴防护镜或面罩。食物只能存放在工作区以外的地方。禁止用嘴吸取试验液体，要使用专用的移液管。一切操作均要小心，以减少和避免产生气溶胶。实验室卫生至少每天清洁一次，工作后随时消毒工作台面，传染性材料外溢、溅出污染时要立即消毒处理。所有培养物、储存物和其它日常废弃物在处理之前都要用高压灭菌器进行有效地灭菌处理。需要在实验室外面处理的材料，要装入牢固不漏的容器内，加盖密封后传出实验室。实验室的废弃物在送到处理地点之前应消毒、包装，避免污染环境。对BSL-3内操作的菌、毒种必须由两人保管，保存在安全可靠的设施内，使用前应办理批准手续，说明使用剂量，并详细登记，两人同时到场方能取出。试验要有详细使用和销毁记录。昆虫和啮齿类动物控制应参照其它有关规定执行。
3.2特殊操作
制定安全细则
实验室负责人要根据实际情况制定本实验室特殊而全面的生物安全规则和具体的操作规程，以补充和细化本规范的操作要求，并报请生物安全委员会批准。工作人员必须了解细则，认真贯彻执行。
生物危害标志
要在实验室入口的门上标记国际通用生物危害标志。实验室门口标记实验微生物种类、实验室负责人的名单和电话号码，指明进入本实验室的特殊要求，诸如需要免疫接种、佩戴防护面具或其它个人防护器具等。实验室使用期间，谢绝无关人员参观。如参观必须经过批准并在个体条件和防护达到要求时方能进入。
生物危害警告
实验过程中实验室或物理防护设备里放有传染性材料或感染动物时，实验室的门必须保持紧闭，无关人员一律不得进入。门口要示以危害警告标志，如挂红牌或文字说明实验的状态，禁止进入或靠近。
进入实验室的条件
实验室负责人要指定、控制或禁止进入实验室的实验人员和辅助人员。未成年人不允许进入实验室。受感染概率增加或感染后果严重的实验室工作人员不允许进入实验室。只有了解实验室潜在的生物危害和特殊要求并能遵守有关规定合乎条件的人才能进入实验室。与工作无关的动植物和其它物品不允许带入实验室。
工作人员的培训
对实验室工作人员和辅助人员要进行与工作有关的定期和不定期的生物安全防护专业培训。实验人员需经专门生物专业训练和生物安全训练，并由有经验的专家指导，或在生物安全委员会指导监督下工作。必须学会气溶胶暴露危害的评价和预防方法。在BSL-3实验室做传染性工作之前，实验室负责人要保证和证明，所有工作人员熟练掌握了微生物标准操作和特殊操作，熟练掌握本实验室设备、设施的特殊操作运转技术。包括操作致病因子和细胞培养的技能，或实验室负责人特殊培训的内容，或包括在安全微生物工作方面具有丰富经验的专家和安全委员会指导下规定的内容。避免气溶胶暴露：一切传染性材料的操作不可直接暴露于空气之中，不能在开放的台面上和开放的容器内进行，都应在生物安全柜内或其它物理防护设备内进行。需要保护人体和样品的操作可在室内排放式2A型生物安全柜内进行。只保护人体不保护样品的操作可在Ⅰ级生物安全柜内进行。如果操作带有放射性或化学性有害物时应在2B2型生物安全柜。禁止使用超净工作台。
避免利器的感染
对可能污染的利器，包括针头、注射器、刀片、玻璃片、吸管、毛细吸管和解剖刀等，必须经常地采取高度有效的防范措施，必须预防经皮肤的实验室感染。在BSL-3实验室工作，尽量不使用针头、注射器和其它锐利的器件。只有在必要时，如实质器官的注射、静脉切开、或从动物体内和瓶子(密封胶盖)里吸取液体时才能使用,尽量用塑料制品代替玻璃制品。在注射和抽取传染性材料时，使用一次性注射器(针头与注射器一体的)。使用过的针头在消毒之前避免不必要的操作，如不可折弯、折断、破损，不要用手直接盖上原来的针头帽;要小心地把其放在固定方便且不会刺破的处理利器的容器里，然后进行高压消毒灭菌。破损的玻璃不能用手直接操作，必须用机械的方法清除，如刷子、夹子和镊子等。
污染的清除和消毒
传染性材料操作完成之后，实验室设备和工作台面应用有效的消毒剂进行常规消毒，特别是传染材料溢出、溅出其它污染，更要及时消毒。溅出的传染性材料的消毒由适合的专业人员处理和清除，或由其它经过训练和有使用高浓度传染物工作经验的人处理。一切废弃物处理之前都要高压灭菌，一切潜在的实验室污物(如，手套、工作服等)均需在处理或丢弃之前消毒。需要修理、维护的仪器，在包装运输之前要进行消毒。
感染性样品的储藏运输
一切感染性样品如培养物、组织材料和体液样品等在储藏、搬动、运输过程中都要放在不泄漏的容器内,容器外表面要彻底消毒，包装要有明显、牢固的标记。
病原体痕迹的监测
采集所有实验室工作人员和其他有关人员的本底血清样品，进行病原体痕迹跟踪检测。依据被操作病原体和设施功能情况或实际中发生的事件，定期、不定期采集血清样本，进行特异性检测。
医疗监督与保健
在BSL-3实验室工作期间对工作者进行医疗监督和保健，对于实验室操作的病原体，工作人员要接受相应的试验或免疫接种(如狂犬病疫苗，TB皮肤试验)。
暴露事故的处理
当生物安全柜或实验室出现持续正压时，室内人员应立即停止操作并戴上防护面具，采取措施恢复负压。如不能及时恢复和保持负压，应停止实验，及早按规程退出。发生此类事故或具有传染性暴露潜在危险的其它事故和污染，当事者除了采取紧急措施外，应立即向实验室负责人报告，听候指示，同时报告国家兽医实验室生物安全管理委员会。负责人和当事人应对其事故进行紧急科学、合理的处理。事后，当事人和负责人应提供切合实际的医学危害评价，进行医疗监督和预防治疗。实验室负责人对事件的过程要予以调查和公布，写出书面报告呈报国家兽医实验室生物安全管理委员会同时抄报实验室安全委员会并保留备份。
3.3安全设备(初级防护屏障)
防护服装
实验室内，工作人员要穿防护性实验服，如长服装、短套装，或有护胸的工作服装。消毒后清洗，如有明显的污染应及时换掉，作为污弃物处理。在实验室外面不能穿工作服。
防护手套
在操作传染性材料、感染动物和污染的仪器时必须戴手套，戴双层为好，必要时再戴上不易损坏的防护手套。更换手套前，戴在手上消毒冲洗，一次性手套不得重复使用。
生物安全柜
感染性材料的操作，如感染动物的解剖，组织培养、鸡胚接种、动物体液的收取等，都应在Ⅱ级以上生物安全柜内进行。离心、粉碎、搅拌等不能在Ⅱ级生物安全柜内进行的工作可在较大或特制的Ⅰ级生物安全柜内进行。
其它物理防护
当操作不能在生物安全柜内进行时，个人防护(Ⅲ级以上类似防护设备的具体要求)和其它物理防护设备(离心机安全帽，或密封离心机转头)并用。
面部保护
污染区、半污染区应备有防护面具以便紧急使用，当房间内有感染动物时要戴面具保护。建立紧急防护工作点。
紧急防护用品
污染区或半污染区备用防护面具、冲洗眼睛的器具和药品等，随时可用。
3.4实验室设施(次级防护屏障)
BSL-3生物安全实验室里所原微生物的操作均在Ⅱ级以上(含Ⅱ级)生物安全柜内进行，其次级屏障标准如下：
建筑结构和平面布局
建筑物抗震能力七级以上，防鼠、防虫、防盗。实验室内净高应在2.6米以上，管道层净高宜不低于2.0米。建筑物内实验室应与活动不受限制的公共区域隔开，设置安全门并安装门锁，禁止无关人员进入。进入设施的通道设带闭门器的双扇门,其后是更衣室，分成一更室(清洁区)和二更室(半污染区)，二更室后面为后室或称缓冲室(半污染区)，进出缓冲室的门应为自动互锁。如果是多个实验室共用一个公用的走廊(或缓冲室)，则进入每个实验室宜经过一个连锁的气闸(锁)门。实验室应有安全通道和紧急出口，并有明显标识。半污染区与清洁区之间必须设置传递窗。洗刷室、机房等附属区域应是清洁区，但应尽量缩短与实验室的距离，方便工作。实验室内可设密闭观察窗。
密闭性和内表面
一切设施、设备外表无毛刺、无锐利棱角，尽量减少水平表面面积，便于清洁和消毒。各种管道通过的孔洞必须密封。墙和顶棚的表面要光滑，不刺眼、不积尘、不受化学物和常用消毒剂的腐蚀，无渗水、不凝集蒸气。地表面应该是一体、防滑、耐磨、耐腐、不反光、不积尘、不漏水，如能按污染区划分给予颜色区别更好。工作台面不能渗水，耐中等热、有机溶剂、酸、碱和常用消毒剂的损害和腐蚀。实验室必要的桌椅橱柜等用具事先设计，便于稳妥安放和使用，彼此留有一定空间便于清洁卫生，表面消毒方便、耐腐。
消毒灭菌设施
必须安装双扉式高压蒸汽灭菌器，安装在半污染区与洗刷室之间。灭菌器的两个门应互为连锁，灭菌器应满足生物安全二次灭菌要求。污染区、半污染区的房间或传递窗内可安装紫外灯。室内应配制人工或自动消毒器具(如消毒喷雾器、臭氧消毒器)并备有足够的消毒剂。一切实验室内的废弃物都要分类集中装在可靠的容器内，都要在设施内进行消毒处理(高压、化学、焚化、其它处理)，仪器的消毒选择适当的方法，如传递式臭氧消毒柜、环氧乙烷消毒袋等，如果废弃物需要传至实验室外，应该消毒后并装入密封容器、包装。
净化空调
实验室污染区和半污染区采用负压单向流全新风净化空调系统。污染区和半污染区不允许安装暖气、分体空调，不可用电风扇。温度230C±20C、相对湿度40%—70%。室内噪声不超过60分贝。气流方向始终保证由清洁区流向污染区，由低污染区流向高污染区。空调系统应安装压力无关装置，以保证系统压力平衡，排风应采用一用一备自动切换系统。发生紧急情况时，应关闭送风系统，维持排风，保证实验室内安全负压。供气需经HEPA过滤。排出的气体必须经过至少两级HEPA过滤排放，不允许在任何区域循环使用。
室内洁净度高于万级。实验室送风口应在一侧的棚顶，出风口应在对面墙体的下部，尽量减少室内气流死角。保持单向气流，矢流方式较为合适。实验室门口安装可视装置，能够确切表明进入实验室的气流方向。Ⅱ级生物安全柜每年检测一次。2A型的排气可进入室内，2B2型安全柜和Ⅲ级安全柜的排风要通过实验室总排风系统排出。如果Ⅲ级安全柜是带有二次HEPA过滤、移动式，气流亦可在室内排气，但排气口应靠近室内排风口。如有其它设备如液体消毒传递窗、药物熏蒸消毒器等的抽气系统，必须经过HEPA过滤，并根据需要更换。
水的净化处理每个房间出口附近设置一个非手动开关的洗手池。污染区、半污染区和有可能被污染的供水管道应采取防止回流措施。如有下水，水池或地漏要设置消毒设施。下水下方必须设有水封，并始终充+盈消毒剂，水封的排气应加HEPA过滤装置。可能污染的下水只能排放到消毒装置内，消毒后再排至公共下水道。如没有下水排放，或不外排的所有废水均须收集并高压处理。洁净区域的下水可直接排入公共下水道。
污染物和废弃物处理
对可能污染的物品和其它废弃物要放在专用的防止污染扩散或可消毒的容器里，以便消毒或高压灭菌处理。
实验室监控系统
应对实验室各种状态及设施全面设置监控报警点，构成完善的实验室安全报警系统。备用电源非双路供电情况下，应配有备用电源，在停电时，至少能够保证空调系统、警铃、灯光、进出控制和生物安全设备的工作。
照明
照明应适合室内的一切活动，不反射、不刺眼，不影响视线。照明灯最好把灯具的部件装在顶棚里，或采取减少积尘措施。
通讯
实验室内外应有适合的通讯联系设施(电话、传真、计算机等)，进行无纸化操作。验收和年检BSL-3设施和运行必须是指令性的。实验室的验收或年检应参考ISO10648标准检测方法进行密封性测试，其检测压力不低于250Pa，半小时的小时泄漏率不超过10%，以保证维护结构的可靠性。新建设施的功能必须检测验收，确认设计和运作参数合乎要求方能使用。运行后每年再进行一次检测确认。
